Από την εποχή του χαλίφη Ομάρ και των πρώτων μεγάλων κατακτήσεων για την πίστη, η ισλαμική παράδοση έχει καθορίσει το είδος της μεταχείρισης που πρέπει να επιφυλάσσεται στους κατακτημένους λαούς. Εάν μια πόλη ή περιοχή παραδίνεται στον κατακτητή με τη θέλησή της δεν πρέπει να λεηλατείται, αν και ίσως χρειαστεί να καταβάλει μια αποζημίωση. Οι Χριστιανοί και οι Εβραίοι κάτοικοί της μπορούν να διατηρήσουν τους τόπους λατρείας τους, υποκείμενοι σε συγκεκριμένους κανονισμούς σχετικά με τα ίδια τα κτίρια. Ακόμη και αν η συνθηκολόγηση οφείλεται σε αναπότρεπτη ανάγκη, επειδή η άμυνα δεν μπορεί να αντέξει άλλο, ο κανόνας εξακολουθεί να θεωρείται ότι ισχύει, αν και ο κατακτητής τώρα μπορεί να επιμείνει σε σκληρότερους όρους, επιβάλλοντας βαρύτερα πρόστιμα και απαιτώντας την τιμωρία των πιο αμετανόητων εχθρών του.
Όταν όμως μια πόλη καταληφθεί εξ εφόδου, οι κάτοικοι της δεν έχουν δικαιώματα. Στο στρατό των κατακτητών δίνεται το δικαίωμα τριών ημερών απεριόριστης λαφυραγωγίας, και οι πρώην τόποι λατρείας, μαζί με κάθε άλλο κτίριο, καθίστανται περιουσία του κατακτητή ηγέτη, που μπορεί να τα διαθέσει όπως θέλει.
Ο σουλτάνος Μωάμεθ είχε υποσχεθεί στους στρατιώτες του τις τρεις ημέρες της λαφυραγωγίας στις οποίες είχαν δικαίωμα. Εκείνοι ξεχύθηκαν μέσα στην πόλη. Μετά τη διάσπαση των τειχών από τα πρώτα στρατεύματά του επέμεινε σε μια συγκεκριμένη πειθαρχία. Τα συντάγματα βάδιζαν μέσα το ένα μετά το άλλο, με τη μουσική να παίζει και τις σημαίες να κυματίζουν. Μόλις όμως βρίσκονταν μέσα στην πόλη, όλοι συμμετείχαν στο άγριο κυνήγι της λείας. Στην αρχή δεν μπορούσαν να πιστέψουν ότι η άμυνα είχε τελειώσει. Έσφαζαν όποιον συναντούσαν στους δρόμους, άνδρες, γυναίκες και παιδιά, αδιάκριτα.Το αίμα έτρεχε σε ποτάμια στους κατηφορικούς δρόμους από τα υψώματα της Πέτρας προς τον Κεράτιο. Αλλά σύντομα η δίψα για αίμα κατευνάστηκε. Οι στρατιώτες αντιλήφθηκαν ότι οι αιχμάλωτοι και τα πολύτιμα αντικείμενα θα τους προσπόριζαν μεγαλύτερο κέρδος.
Από τους στρατιώτες που πέρασαν μέσα από το φράχτη ή από την Κερκόπορτα πολλοί στράφηκαν να λεηλατήσουν το αυτοκρατορικό παλάτι στις Βλαχέρνες. Κατέβαλαν τη βενετική φρουρά του και άρχισαν να αρπάζουν όλους τους θησαυρούς του, καίγοντας βιβλία και εικόνες μόλις αποσπούσαν τα καλύμματα και τα πλαίσια με τα κοσμήματα, και σπάζοντας τα ψηφιδωτά και τα μάρμαρα στους τοίχους. Άλλοι κατευθύνθηκαν στις μικρές αλλά υπέροχες εκκλησίες κοντά στα τείχη, τον Άγιο Γεώργιο κοντά στη Χαρίσια πύλη, τον Άγιο Ιωάννη στην Πέτρα και τη χαριτωμένη εκκλησία της μονής του Σωτήρα στη Χώρα, για να τις απογυμνώσουν από τα άφθονα καλύμματά τους, τα άμφια και ότι άλλο ήταν δυνατό να αφαιρεθεί από αυτές.
Στη Χώρα άφησαν απείραχτα τα ψηφιδωτά και τις τοιχογραφίες αλλά κατέστρεψαν την εικόνα της Θεομήτορος, της Οδηγήτριας, της ιερότερης εικόνας σε όλο το Βυζάντιο, την οποία, όπως έλεγαν οι άνθρωποι, είχε ζωγραφίσει ο ίδιος ο Άγιος Λουκάς.Την είχαν μεταφέρει εκεί από την εκκλησία της πλάι στο παλάτι στην αρχή της πολιορκίας, ώστε η ευεργετική της παρουσία να είναι διαθέσιμη για να εμπνέει τους αμυνόμενους επάνω στα τείχη.Την έβγαλαν από τη βάση της και την έσπασαν σε τέσσερα κομμάτια.Έπειτα άλλοι από τους στρατιώτες έσπευσαν να μπουν στα κοντινά σπίτια, άλλοι προς τις αγορές και τα μεγάλα κτίρια στην ανατολική απόληξη της πόλης. Οι ναύτες από τα πλοία στον Κεράτιο είχαν ήδη εισέλθει από την Πλατεία πύλη και άδειαζαν τις αποθήκες κατά μήκος των τειχών.Σύντομα μερικοί από αυτούς συνάντησαν μια συγκινητική λιτανεία γυναικών που πήγαιναν προς την εκκλησία της Αγίας Θεοδοσίας, για να προσευχηθούν για την προστασία της αυτή την ημέρα, της γιορτής της. Οι γυναίκες περικυκλώθηκαν και μοιράστηκαν από τους άνδρες που τις συνέλαβαν, οι οποίοι στη συνέχεια προχώρησαν για να λεηλατήσουν την ανθοστόλιστη εκκλησία και να πιάσουν τους πιστούς εκεί.
Άλλοι ανέβηκαν στο λόφο για να συνενωθούν με τους στρατιώτες από τα χερσαία τείχη στην απογύμνωση της τριπλής εκκλησίας του Παντοκράτορα και των μοναστικών κτισμάτων που ήταν προσαρτημένα σ' αυτό, όπως και της γειτονικής εκκλησίας του Παντεπόπτη. Άλλοι, που είχαν μπει από την Ωραία Πύλη, σταμάτησαν για να λεηλατήσουν τη συνοικία της αγοράς προτού ανεβούν στο λόφο προς τον Ιππόδρομο και την ακρόπολη. Στο μεταξύ οι ναύτες από τα πλοία στην Προποντίδα είχαν ανοίξει δρόμο μέσα από το παλιό Ιερό Παλάτιο. Οι διάδρομοί του ήταν εγκαταλελειμένοι και μισοερειπωμένοι, αλλά εξακολουθούσαν να υπάρχουν λαμπρές εκκλησίες εκεί, όπως η Νέα Βασιλική την οποία είχε κτίσει ο Βασίλειος Α' περίπου πέντε αιώνες νωρίτερα. Λεηλατήθηκαν όλες εντελώς. Έπειτα οι ναύτες και από τους δύο στόλους και τα πρώτα στίφη στρατιωτών από τα χερσαία τείχη συνέκλιναν στη μεγαλύτερη εκκλησία του Βυζαντίου, τη μητρόπολη της Αγίας Σοφίας.
Η εκκλησία εξακολουθούσε να είναι γεμάτη με κόσμο. Η Θεία Λειτουργία είχε τελειώσει και έψαλλαν τη λειτουργία του Όρθρου. Με τους θορύβους της φασαρίας απέξω οι τεράστιες μπρούντζινες πόρτες του κτιρίου έκλεισαν. Μέσα το εκκλησίασμα προσευχόταν για το θαύμα που μόνο αυτό μπορούσε να τους σώσει. Προσεύχονταν μάταια. Δεν πέρασε πολλή ώρα προτού γκρεμιστούν οι πόρτες από τα σφυροκοπήματα. Οι πιστοί είχαν παγιδευτεί. Μερικοί από τους γέρους και τους ανήμπορους σκοτώθηκαν επιτόπου, αλλά οι περισσότεροι δέθηκαν ή αλυσοδέθηκαν μαζί. Τα πέπλα και τα μαντήλια των γυναικών σκίστηκαν για να χρησιμοποιηθούν ως σχοινιά. Πολλές από τις ωραιότερες κοπέλες και νέους και πολλοί από τους πιο πλούσια ντυμένους ευγενείς σχεδόν κατασπαράχθηκαν καθώς οι δεσμώτες τους τσακώνονταν γι' αυτούς. Σύντομα μια μακριά πομπή από αταίριαστες μικροομάδες ανδρών και γυναικών δεμένων σφιχτά μεταξύ τους συρόταν προς τους καταυλισμούς των στρατιωτών, για να γίνουν εκεί για μία ακόμη φορά αντικείμενα φιλονικιών. Οι ιερείς συνέχισαν να ψάλλουν στο Ιερό μέχρις ότου συνελήφθησαν και εκείνοι. Αλλά την τελευταία στιγμή, έτσι πίστευαν οι πιστοί, μερικοί από αυτούς άρπαξαν τα πιο ιερά σκεύη και κινήθηκαν προς το νότιο τοίχο του Ιερού. Εκείνος άνοιξε γι' αυτούς και έκλεισε πίσω τους, και εκεί θα παραμείνουν μέχρις ότου το ιερό κτίριο ξαναγίνει πάλι εκκλησία.
Η λεηλασία συνεχίστηκε όλη την ημέρα. Ανδρικά και γυναικεία μοναστήρια παραβιάστηκαν και οι κάτοικοι τους συνελήφθησαν. Μερικές από τις νεώτερες καλόγριες προτίμησαν το μαρτύριο από την ατίμωση και ρίχτηκαν σε πηγάδια, αλλά οι μοναχοί και οι πιο ηλικιωμένες καλόγριες συμμορφώθηκαν τώρα με την παλιά παράδοση παθητικότητας της Ορθόδοξης Εκκλησίας και δεν προέβαλαν αντίσταση. Τα ιδιωτικά σπίτια λεηλατήθηκαν συστηματικά. Κάθε ομάδα λεηλασίας άφηνε στην είσοδο μια μικρή σημαία για να δείχνει πότε ένα σπίτι είχε εκκενωθεί εντελώς. Οι ένοικοι μεταφέρονταν μαζί με τα υπάρχοντά τους.Όποιος κατέρρεε από αδυναμία σφαζόταν, μαζί με έναν αριθμό παιδιών που θεωρήθηκε ότι δεν είχαν αξία. Γενικά όμως τώρα δεν θυσίαζαν τις ζωές των αιχμαλώτων. Υπήρχαν ακόμη σπουδαίες βιβλιοθήκες στην πόλη, μερικές κοσμικές και πολύ περισσότερες σε μοναστήρια. Τα περισσότερα βιβλία κάηκαν, υπήρξαν όμως Τούρκοι αρκετά οξυδερκείς για να αντιληφθούν ότι αποτελούσαν αντικείμενα με εμπορική αξία και διέσωσαν έναν αριθμό ο οποίος αργότερα πουλήθηκε για λίγα νομίσματα σε όποιον ενδιαφερόταν.
Στις εκκλησίες γίνονταν σκηνές αίσχους. Πολλοί εσταυρωμένοι με πολύτιμες πέτρες μεταφέρθηκαν με τουρκικά σαρίκια να τους περιβάλλουν έκλυτα. Πολλά κτίρια έπαθαν ανεπανόρθωτες ζημιές. Το βράδυ δεν υπήρχαν πολλά για να λεηλατηθούν και κανείς δεν διαμαρτυρήθηκε όταν ο σουλτάνος κήρυξε ότι η λεηλασία έπρεπε πια να σταματήσει. Οι στρατιώτες είχαν πολλά για να τους κρατούν απασχολημένους για τις επόμενες δύο ημέρες, με το να μοιράζονται τη λεία και να μετρούν τους αιχμαλώτους. Κυκλοφορούσε η φήμη ότι υπήρχαν περίπου πενήντα χιλιάδες από αυτούς, από τους οποίους μόνο πεντακόσιοι ήταν στρατιώτες. Ο υπόλοιπος χριστιανικός στρατός είχε χαθεί, με εξαίρεση τους λίγους άνδρες που είχαν ξεφύγει δια θαλάσσης. Οι νεκροί, συμπεριλαμβανομένων των αμάχων θυμάτων της σφαγής, λέγεται ότι έφθαναν τους τέσσερις χιλιάδες.
Ο ίδιος ο σουλτάνος μπήκε στην πόλη αργά το απόγευμα. Συνοδευόμενος από τους εκλεκτότερους γενίτσαρους της φρουράς του και ακολουθούμενος από τους υπουργούς του προχώρησε αργά μέσα από τους δρόμους προς την εκκλησία της Αγίας Σοφίας. Μπροστά από τις πόρτες της αφίππευσε και έσκυψε να πάρει μια χούφτα χώμα το οποίο έχυσε επάνω από το σαρίκι του ως πράξη ταπεινοφροσύνης προς το Θεό του. Μπήκε στην εκκλησία και έμεινε για μια στιγμή σιωπηλός. Έπειτα, καθώς προχωρούσε προς το Ιερό, παρατήρησε έναν Τούρκο στρατιώτη που προσπαθούσε να σπάσει ένα κομμάτι από το μαρμάρινο δάπεδο. Γύρισε σ' αυτόν θυμωμένα και του είπε ότι στην άδεια για λεηλασία δεν συμπεριλαμβανόταν η καταστροφή των κτιρίων. Αυτά τα κρατούσε για τον εαυτό του. Υπήρχαν ακόμη μερικοί Έλληνες που κρύβονταν σε γωνίες και τους οποίους οι Τούρκοι δεν είχαν ακόμη δέσει για να τους πάρουν. Διέταξε να τους αφήσουν να πάνε στα σπίτια τους με την ησυχία τους. Έπειτα βγήκαν μερικοί ιερείς από τα μυστικά περάσματα πίσω από το Ιερό και ζήτησαν το έλεός του. Κι αυτούς τους απομάκρυνε υπό προστασία. Επέμεινε όμως ότι η εκκλησία θα έπρεπε να μετατραπεί αμέσως σε τζαμί. Ένας από τους ουλεμάδες του ανέβηκε στον άμβωνα και προσκύνησε το νικηφόρο Θεό του.
Φεύγοντας από τη μητρόπολη ο σουλτάνος πήγε στην απέναντι πλευρά της πλατείας, στο παλιό Ιερό Παλάτιο. Καθώς περνούσε από τους μισοερειπωμένους διαδρόμους και τις αίθουσές του λέγεται ότι μουρμούρισε τα λόγια ενός Πέρση ποιητή: «Η αράχνη υφαίνει τις κουρτίνες στο παλάτι των Καισάρων, η κουκουβάγια κρώζει στις περιπόλους, στους πύργους του Αφρασιάμπ». Με την περιοδεία του σουλτάνου μέσα από την πόλη η τάξη αποκαταστάθηκε. Ο στρατός του είχε κορεσθεί από λάφυρα και η στρατονομία του μερίμνησε ώστε οι άνδρες να επιστρέψουν στους καταυλισμούς τους. Ο ίδιος επέστρεψε στο στρατόπεδό του μέσα από έρημους δρόμους.
Την επομένη διέταξε να παρουσιαστούν ενώπιόν του όλα τα λάφυρα και από αυτά διάλεξε το ποσοστό που εδικαιούτο ως αρχηγός. Μερίμνησε να δοθεί επίσης ένα δίκαιο μερίδιο στους στρατιώτες του τα καθήκοντα των οποίων δεν τους είχαν επιτρέψει να λάβουν μέρος στη λεηλασία. Για τον εαυτό του κράτησε όλα τα αιχμάλωτα μέλη των μεγάλων οικογενειών του Βυζαντίου και όσους από τους υψηλόβαθμους αξιωματούχους είχαν διαφύγει από τη σφαγή. Απελευθέρωσε αμέσως τις περισσότερες από τις ευγενείς αρχόντισσες, παρέχοντας σε πολλές από αυτές χρήματα ώστε να μπορέσουν να απελευθερώσουν τις οικογένειές τους. Αλλά κράτησε τους πιο όμορφους από τους νεαρούς γιους και τις κόρες τους για το σεράι του. Σε πολλούς άλλους νέους δόθηκε ελευθερία και αξιώματα στο στρατό του, υπό τον όρο ότι θα αποκήρυσσαν τη θρησκεία τους. Μερικοί από αυτούς αποστάτησαν, αλλά το μεγαλύτερο μέρος προτίμησε να δεχθεί την ποινή για την πίστη στο Χριστό.
Μεταξύ των Ελλήνων αιχμαλώτων ανακάλυψε το Λουκά Νοταρά, το Μέγα Δούκα, καθώς και περίπου εννέα άλλους υπουργούς του αυτοκράτορα. Τους απελευθέρωσε ο ίδιος από τους δεσμώτες τους και τους δέχθηκε ευγενικά, απελευθερώνοντας το Μέγα Δούκα και δύο ή τρεις άλλους. Πολλοί όμως από τους άλλους αξιωματούχους του Κωνσταντίνου, μεταξύ των οποίων και ο Φραντζής, δεν αναγνωρίστηκαν και παρέμειναν στην αιχμαλωσία. Στους Ιταλούς αιχμαλώτους δεν επιδείχθηκε παρόμοιος οίκτος. Ο Μινόττο, ο Βενετός βάιλος, θανατώθηκε μαζί με έναν από τους γιους του και επτά από τους κυριότερους συμπατριώτες του. Μεταξύ τους ήταν ο Καταρίνο Κονταρίνι, ο οποίος είχε ήδη εξαγοραστεί από τα στρατεύματα του Ζαγανός πασά, αλλά ο οποίος συνελήφθη και πάλι και ζητήθηκαν άλλες επτά χιλιάδες χρυσά νομίσματα για την απελευθέρωσή του. Αυτό ήταν ένα ποσό το οποίο δεν μπορούσε να πληρώσει κανείς από τους φίλους του. Ο Καταλανός πρόξενος, ο Περέ Χούλια, επίσης εκτελέστηκε, μαζί με πέντε ή έξι συμπατριώτες του. Ο αρχιεπίσκοπος Λεονάρδος είχε αιχμαλωτιστεί, αλλά δεν αναγνωρίστηκε και σύντομα εξαγοράστηκε από εμπόρους του Πέραν οι οποίοι είχαν σπεύσει στο τουρκικό στρατόπεδο για να σώσουν Γενοβέζους συμπατριώτες τους. Ο καρδινάλιος Ισίδωρος ήταν ακόμη πιο τυχερός. Είχε πετάξει τα εκκλησιαστικά του άμφια, δίνοντάς τα σε ένα ζητιάνο και φορώντας αντί γι' αυτά τα ράκη του ζητιάνου. Ο ζητιάνος συνελήφθη και θανατώθηκε, και το κεφάλι του επιδεικνυόταν ως το κεφάλι του καρδιναλίου, ενώ ο Ισίδωρος πουλήθηκε για ένα μηδαμινό ποσό σε έναν έμπορο του Πέραν που τον είχε αναγνωρίσει. Ο Τούρκος πρίγκιπας Ορχάν είχε επίσης προσπαθήσει να διαφύγει μεταμφιεσμένος. Είχε δανειστεί το ράσο ενός Έλληνα μοναχού, ελπίζοντας ότι η τέλεια γνώση του των Ελληνικών θα τον γλίτωνε από υποψίες. Αλλά αιχμαλωτίστηκε, προδόθηκε από ένα συγκρατούμενό του και αποκεφαλίστηκε επιτόπου. Η γενοβέζικη γαλέρα στην οποία είχε μεταφερθεί ο τραυματισμένος Τζουστινιάνι ήταν μία από εκείνες που κατόρθωσαν να διαφύγουν από τον Κεράτιο. Ο Τζουστινιάνι αποβιβάστηκε στη Χίο και πέθανε εκεί μία ή δύο ημέρες αργότερα. Για τους οπαδούς του παρέμεινε ήρωας, αλλά οι Έλληνες και οι Βενετοί, όσο και αν είχαν θαυμάσει πολύ την ενεργητικότητα, τη γενναιότητα και την ηγεσία του σε όλη τη διάρκεια της πολιορκίας, θεώρησαν ότι στο τέλος είχε φανεί λιποτάκτης. Θα έπρεπε να είχε το θάρρος να αντιμετωπίσει τον πόνο και το θάνατο παρά να διακινδυνεύσει την ολοκληρωτική κατάρρευση της άμυνας με τη φυγή του. Πολλοί, ακόμη και μεταξύ των Γενοβέζων, αισθάνονταν ντροπή γι' αυτόν. Ο αρχιεπίσκοπος Λεονάρδος τον κατηγόρησε σφοδρά για τον άκαιρο τρόμο του.
Η τύχη των Ελλήνων αιχμαλώτων ποίκιλε. Μετά από τρεις ημέρες, όταν η επίσημη περίοδος της λεηλασίας είχε τελειώσει, ο σουλτάνος εξέδωσε μία προκήρυξη που έλεγε ότι όσοι Έλληνες είχαν ξεφύγει από την αιχμαλωσία ή είχαν εξαγοραστεί μπορούσαν να πάνε στα σπίτια τους, όπου η ζωή και η περιουσία τους θα παρέμεναν πλέον ανενόχλητα. Αλλά δεν υπήρχαν πολλοί από αυτούς, ούτε πολλά από τα σπίτια τους ήταν κατοικήσιμα. Λέγεται ότι ο ίδιος ο Μωάμεθ έστειλε τετρακόσια Ελληνόπουλα ως δώρα σε καθέναν από τους τρεις κυριότερους μωαμεθανούς δυνάστες της εποχής, το σουλτάνο της Αιγύπτου, το βασιλιά της Τυνησίας και το βασιλιά της Γρανάδας.
Πολλές ελληνικές οικογένειες δεν επρόκειτο να ξαναενωθούν. Ο Ματθαίος Καμαριώτης, στο θρήνο του για την πόλη, αφηγείται την απεγνωσμένη έρευνα που έκαναν αυτός και οι φίλοι του για να βρουν τους συγγενείς τους. Ο ίδιος έχασε γιους και αδελφούς. Για μερικούς έμαθε αργότερα ότι είχαν σκοτωθεί. Άλλοι απλά εξαφανίστηκαν, ενώ ένοιωσε τη ντροπή της ανακάλυψης ότι ο ανιψιός του είχε επιζήσει αποκηρύσσοντας την πίστη του.Η καλοσύνη που είχε δείξει ο Μωάμεθ στους επιζώντες υπουργούς του αυτοκράτορα είχε μικρή διάρκεια. Είχε αναφέρει ότι θα έκανε το Λουκά Νοταρά κυβερνήτη της κατακτημένης πόλης. Εάν αυτή ήταν η πραγματική του πρόθεση, σύντομα άλλαξε γνώμη. Η γενναιοδωρία του πάντοτε ελαττωνόταν από καχυποψία, και κάποιοι σύμβουλοι τον προειδοποίησαν να μην εμπιστεύεται το Μέγα Δούκα. Έθεσε λοιπόν την πίστη του σε δοκιμασία. Πέντε ημέρες μετά την άλωση της πόλης παρέθεσε ένα συμπόσιο.Στη διάρκειά του, όταν είχε βαρύνει για τα καλά από το κρασί, κάποιος του ψιθύρισε ότι ο δεκατετράχρονος γιος του Νοταρά ήταν ένα παιδί με εξαιρετική ομορφιά. Αμέσως ο σουλτάνος έστειλε έναν ευνούχο στο σπίτι του Μέγα Δούκα απαιτώντας το παιδί να του σταλεί για την ευχαρίστησή του. Ο Νοταράς, του οποίου οι δύο μεγαλύτεροι γιοι είχαν σκοτωθεί μαχόμενοι, αρνήθηκε να θυσιάσει το παιδί σε μια τέτοια τύχη.Στη συνέχεια στάλθηκε η αστυνομία να φέρει το Νοταρά με το γιο του και το νεαρό γαμπρό του, το γιο του Μεγάλου Δομέστιχου Ανδρόνικου Καντακουζηνού, ενώπιον του σουλτάνου. Όταν ο Νοταράς εξακολούθησε να αψηφά το σουλτάνο, δόθηκαν διαταγές να αποκεφαλιστούν επιτόπου ο ίδιος και τα δύο αγόρια. Ο Νοταράς ζήτησε απλά να εκτελεστούν πριν από εκείνον, μήπως το θέαμα του θανάτου του τα έκανε να λιποψυχήσουν. Όταν χάθηκαν και τα δύο, ξεσκέπασε το λαιμό του στο δήμιο. Την επομένη συνελήφθησαν άλλοι εννέα Έλληνες ευγενείς και στάλθηκαν στο ικρίωμα. Αργότερα λέγεται ότι ο σουλτάνος μετάνιωσε για τους θανάτους τους και ότι τιμώρησε τους συμβούλους που είχαν εγείρει τις υποψίες του. Είναι όμως πιθανό ότι η μετάνοιά του ήταν επίτηδες καθυστερημένη. Είχε αποφασίσει να εξοντώσει τους κυριότερους κοσμικούς αξιωματούχους της παλαιάς αυτοκρατορίας . Οι γυναίκες τους περιέπεσαν και πάλι στην αιχμαλωσία και αποτέλεσαν τμήμα της μακράς πομπής των αιχμαλώτων που συνόδευσε την Αυλή κατά την επιστροφή της στην Αδριανούπολη. Η χήρα του Νοταρά πέθανε καθ' οδόν στο χωριό Μεσσήνη. Ήταν από αυτοκρατορική γενιά και η σπουδαιότερη δέσποινα στο Βυζάντιο μετά το θάνατο της βασιλομήτορος, ενώ απολάμβανε βαθύτατου σεβασμού ακόμη και από τους αντιπάλους του άνδρα της για την αξιοπρέπεια και τη φιλανθρωπία της. Μία από τις κόρες της, η Άννα, είχε ήδη διαφύγει στην Ιταλία με μερικούς από τους θησαυρούς της οικογένειας.
Ο Φραντζής, του οποίου το μίσος για το Μέγα Δούκα δεν είχε κατευναστεί ούτε από τις αμοιβαίες δυστυχίες τους και ο οποίος παρέθεσε μια πικρόχολη, σκληρή και αναληθή περιγραφή του θανάτου του, χρειάστηκε να υποστεί ο ίδιος μια παρόμοια τραγωδία. Ήταν σκλάβος επί δεκαοκτώ μήνες στο υπηρετικό προσωπικό του επικεφαλής των αλόγων του σουλτάνου, προτού κατορθώσει να απελευθερώσει τον εαυτό του και τη γυναίκα του. Τα δύο παιδιά του όμως, και τα δύο βαφτισμένα από τον αυτοκράτορα Κωνσταντίνο, κλείστηκαν στο σεράι του σουλτάνου. Το κορίτσι, η Θάμαρ, πέθανε εκεί σε παιδική ηλικία, ενώ το αγόρι θανατώθηκε από το σουλτάνο επειδή αρνήθηκε να υποκύψει στις ακόλαστες επιθυμίες του.
