Πίνακας της ζωγράφου Ιωάννας Ξέρα.
26 Μαΐου 1826, μετά την Άλωση του Μεσολογγίου, δύναμη 4.000 Τούρκων του Κιουταχή, προελαύνοντας προς τα ανατολικά, πολιορκεί την Βαρνάκοβα. Ηγούμενος είναι τότε ο Κοσμάς Θεοχάρης. Μαζί με τους μοναχούς, μέσα στο μοναστήρι βρίσκονται αρκετοί οπλαρχηγοί της περιοχής και όχι μόνο (π.χ. Κίτσος Τζαβέλας). Η πολιορκία κρατάει ημέρες, ωστόσο οι Τούρκοι αδυνατούν να καταλάβουν το μοναστήρι.
Ύστερα από επανειλημμένες προσπάθειες εκπόρθησης των οχυρώσεών του χωρίς επιτυχία, αποφασίζουν μυστικά να σκάψουν υπόγεια, κάτω από τη Μονή, με σκοπό να την ανατινάξουν. Το μυστικό τους προδίδεται στους μοναχούς από έναν Αλβανό και στις 26 Μαΐου αποφασίζεται έξοδος, η οποία και πραγματοποιείται, με απώλεια δύο μοναχών και ενός λαϊκού. Η Βαρνάκοβα, έπειτα, ανατινάζεται, για να ξαναχτιστεί μετά από πέντε χρόνια, το 1831, με (μάλλον προσωπική) επιχορήγηση 1.800 φοινίκων από τον Ιωάννη Καποδίστρια, ο οποίος θεωρείται και δεύτερος κτήτωρ της Μονής.
η Μονή ιδρύθηκε το 1077….
Στις αρχές του 13ου αιώνα, όπως αναφέρεται στο κτητορικό της Μονής για το έτος 1212, ζούσαν στη Βαρνάκοβα 96 ιερομόναχοι και διάκονοι………
Οι Κομνηνοί, άρχοντες του Δεσποτάτου, αγάπησαν τόσο πολύ την Παναγία τη Βαρνάκοβα, ώστε μερικοί εξ αυτών επέλεξαν το Καθολικό της Μονής ως τόπο ενταφιασμού τους. Μάλιστα, τουλάχιστον δύο από αυτούς έγιναν μοναχοί: ο Αλέξιος, με το όνομα Ακάκιος, ο κάποτε ηγούμενος, και ο πατέρας του Εμμανουήλ, με το όνομα Ματθαίος.
Το 1919, ο αρχαιολόγος Αναστάσιος Ορλάνδος ανακάλυψε τους τάφους τους κάτω από το δάπεδο του εσωνάρθηκα, ενώ σώζονται μέχρι σήμερα στη Μονή οι επιτύμβιες πλάκες. Ανάλογη με τους Κομνηνούς εύνοια προς το Μοναστήρι λέγεται πως επέδειξαν και οι τελευταίοι αυτοκράτορες του Βυζαντίου, οι Παλαιολόγοι.
